Całkowity koszt projektu „Pomorskie e-Zdrowie” to 192 279 167,56 zł, z czego środki z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego stanowić mają 150 333 260,98 zł, a wkład własny 26 529 399,00 zł zostanie pokryty przez poszczególne podmioty lecznicze uczestniczące w projekcie oraz Samorząd Województwa Pomorskiego (proporcjonalnie do planowanych w poszczególnych jednostkach nakładów inwestycyjnych). Na podstawie wydanej decyzji Instytucji Zarządzającej z dniu 21 marca 2024 r. Zarząd Województwa Pomorskiego uchwałą nr 370/534/24 z dnia 21 marca 2024 r. wydał decyzję o wydłużeniu terminu realizacji projektu do dnia 31 października 2024 r. Projekt realizowany będzie w latach 2016-2024.
Źródłem finansowania projektu będzie Regionalny Program Operacyjny Województwa Pomorskiego na lata 2014-20, Priorytet 7, „Zdrowie”, działanie 7.2 „Systemy informatyczne i telemedyczne”.